Балканскиот рис, согласно критериумите од Црвената листа на загрозени видови на IUCN, е класифициран како критично загрозен по критериумот D, бидејќи се проценува дека постојат помалку од 50 зрели единки. Вкупната популација се проценува на 32 зрели единки. Постојано присуство на балкански рис засега е потврдено само за Македонија и Албанија, во две одделни но релатнивно блиски локации, па оттука се смета и дека популацијата ја сочинуваат две суппопулации. Иако опсегот на распространување на овој вид е поделен помеѓу две јадра, се чини дека македонската суппопулација е поврзана. Во периодот од 1990–1995 година, како и од 1996–2001 година, паневропската процена направена од експерти од земјите во регионот покажа дека големината на популацијата и опсегот на распространување се намалуваат. Последните процени спроведени во рамки на БЛРП во Северна Македонија, Албанија, Косово и Црна Гора упатуваат на стабилизирање кај големината на популацијата и површината на населеност негде од 2008 година. НП „Маврово“ и околината претставува јадрово подрачје каде е потврдена репродукција на видот во Северна Македонија, но од неодамна постојат и индиции за можна репродукција на планините Добра Вода и Јабланица, на границата со Албанија.

Иако видот е заштитен со закон, понекогаш во некои ресторани и хотели надвор од градовите се среќаваат препарирани единки како украси. Поради слабото спроведување на законот, сопствениците на угостителските капацитети ниту се гонат, ниту се испрашуваат за потеклото на заштитениот вид.

Евроазискиот рис се наоѓа на Додаток II од CITES и претставува строго заштитен вид според Бернската конвенција (Додаток II), односно строгозаштитен вид според Директивата за живееалишта на ЕУ (анексите II и IV).
Балканскиот рис во Северна Македонија е заштитен според два закона: Законот за ловството (Сл. весник на РМ бр. 20/1996) и Законот за заштита на природата (Сл. весник на РМ бр. 67/2004). Се наоѓа и на листата на Емералд видови. И покрај тоа што за балканскиот рис постојат стратегија за закрепнување и Национален акциски план, тие не се ратификувани од ресорните министерства. Напредна верзија на акцискиот план посветен само на јадровото подрачје (НП „Маврово“) беше развиен во 2013 година заедно со паркот. Во 2015 година Акцискиот план беше одобрен од управата на паркот, со што тој веќе се спроведува.

1. Во 2006 година, по неколкугодишна подготовка, во Македонија и Албанија се иницира тригодишниот проект под име „Програма за закрепнување на балканскиот рис“ (БЛРП) (Breitenmoser-Würsten and Breitenmoser 2001, von Arx et al.,2004). Целта на проектот беше да се направи спој помеѓу заштитата на рисот и прогласувањето нови заштитени подрачја (примарни живеалишта за рис) во споменатите земји. Балканскиот рис се избра како закрилен вид. Главни цели на проектот беа следните: истражување и мониторинг на балканскиот рис, собирање основни информации за распространувањето на балканскиот рис, утврдување популациски тренд, абундантност, достапност на плен, итн., развој на конзервациска стратегија и национален акциски план за целиот ареал на распространување, дефинирање подрачја долж Европскиот зелен појас поврзани со распространувањето на балканскиот рис и лобирање заради нивно прогласување за заштитени подрачја, и градење професионални партнерства со важни чинители во полето на заштитата на природата (Breitenmoser et al.,2008). Проектот беше спонзориран од швајцарската фондација МАВА. Паралелно со ваквите активности во двете земји започна и Проект за човекова димензија финансиран од Норвешкиот совет за истражување. Целта на проектот беше да се истражат односот помеѓу човекот и крупните месојади, можните конфликти и ставот на локалците, и да се изградат капацитети за справување со предизвиците за прекугранична соработка при зачувувањето на крупните месојади.

2. Втората фаза од БЛРП започна во 2010 година како продолжение на претходно зацртаните цели и активности. Од потребата за теренски податоци за биологијата и екологијата на балканскиот рис произлезе и првиот научен труд под наслов Status, ecology and land-tenure system of the critically endangered Balkan lynx in Macedonia and Albania (Breitenmoser et al., 2012). Проектот беше поддржан од Швајцарската национална научна фондација во рамки на програмата SCOPES (Научна соработка помеѓу Источна Европа и Швајцарија). Проектот започна во 2010 година и траеше до крајот на втората фаза на БЛРП, односно 2012 година. Во тој период, три мажјаци од рис беа заловени и означени со GPS-околувратници, се спроведе една интензивна сесија со фотозамки во јадровото подрачје и се основа мрежа за мониторинг на диви животни во која членуваа мотивирани и упатени луѓе.

3. Третата фаза на БЛРП (2013–2016) претежно се фокусира на две главни цели: мониторинг и развој на акциски план во подрачјето со потврдено присуство на балкански рис (НП „Маврово“ и планината Мунела), и проширување на проектните активности за да се вклучат Црна Гора и Косово преку спроведување основно истражување во двете земји. Оваа фаза исто така се фокусира и подигање на јавната свест кај локалното население, на локално, национално и меѓународно ниво, како и активности за едукација на ученици во основните училишта.

4. Четвртата и петтата фаза (2016–2020) опфаќаа шест различни стратегии: едукација на локални ученици, прогласување заштитени подрачја битни за балканскиот рис, ефикасност при заштитата на подрачјата со фокус на НП „Маврово“, и истражување и мониторинг за балканскиот рис со цел да се утврдат абундантноста, трендот, појавата во нови подрачја и да се врши следење со телеметрија.